คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เปิดสอนปริญญาตรีทางวิชาชีพ หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต เพียงสาขาเดียว รับเข้าศึกษาเฉพาะนักศึกษาไทย ภาษาที่ใช้ คือ ภาษาไทย
โดยมีความร่วมมือเพื่อผลิตบัณฑิตแพทย์กับสถาบันหลายแห่งทั้งในมหาวิทยาลัย และสถาบันต่าง ๆ ภายในและต่างประเทศ ดังต่อไปนี้

ภายในมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์
คณาจารย์จากคณะศิลปศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และสถาบันอิสลามและอาหรับศึกษา ร่วมสอนหมวดวิชาศึกษาทั่วไปแก่นักศึกษาในชั้นปีที่ 1 และชั้นปีที่ 2

สถาบันภายนอกมหาวิทยาลัย
1) ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลสงขลาร่วมสอนนักศึกษาช่วงชั้นปีที่ 4-6 จำนวน 24 คน
2) ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลนราธิวาสราชนครินทร์ ร่วมสอนนักศึกษาช่วงชั้นปีที่ 4-6 จำนวน 12 คน
3) โรงพยาบาลระโนด โรงพยาบาลสทิงพระ โรงพยาบาลเทพา โรงพยาบาลควนเนียง โรงพยาบาลปัตตานี โรงพยาบาลศูนย์ยะลา โรงพยาบาลรามัน โรงพยาบาลสุไหงโก-ลก โรงพยาบาลยี่งอ โรงพยาบาลจิตเวชสงขลาราชนครินทร์ สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดสงขลา สถานบริการสาธารณสุขระดับต่างๆ ในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขรับเป็นสถานที่ที่นักศึกษาชั้นปรีคลินิก และชั้นคลินิกหมุนเวียนไปฝึกงาน
4) โรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า/วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า ร่วมมือด้านการจัดการศึกษาหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต และร่วมมือในการพัฒนาศักยภาพโรงพยาบาลกัลยานิวัฒนาการุณย์ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาส ราชนครินทร์ให้เป็นสถานที่จัดการเรียนการสอนนักศึกษาชั้นคลินิก ช่วงปีที่ 4-6
5) คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ร่วมมือทางด้านวิชาการ การวิจัย และการบริการด้านการแพทย์และสาธารณสุข และระบบส่งต่อ
สถาบันการศึกษาต่างประเทศ